Los órganos de gobierno de la Universidad Autónoma de los Pueblos Indígenas, en su orden jerárquico, son los siguientes:

1. El Consejo Superior Universitario.
2. El Consejo Académico.
3. El Consejo Administrativo.
4. Las Juntas de Facultades.
5. Las Juntas de Escuelas.
6. Las Juntas de Departamentos Académicos.
7. Cualquier otro que el Estado Orgánico determine.

El Consejo Superior Universitario es el máximo órgano de gobierno de la Universidad Autónoma de los Pueblos Indígenas. Su funcionamiento, al igual que el del resto de los órganos de gobierno, se regirá por lo que determine el Estatuto Orgánico.

El Consejo Superior Universitario tendrá representantes permanentes y transitorios, cuyas funciones y demás características serán reguladas en el Estatuto Orgánico.
Serán representantes ante el Consejo Superior Universitario:

1. El rector, quien lo presidirá.
2. Los vicerrectores.
3. El secretario general.
4. Los decanos.
5. Un representante de los directores de escuelas por facultad.
6. Un representante de los directores de departamentos académicos por facultad.
7. El director de la administración
8. El director de Planificación y Evaluación de la Calidad Universitaria.
9. Un representante de los docentes por facultad a nivel nacional.
10. Un representante de los administrativos a nivel nacional.
11. Un representante de los estudiantes por facultad a nivel nacional.
12. Un representante de los pueblos indígenas, designado por el Consejo Nacional de Desarrollo Integral de los Pueblos Indígenas, de forma rotativa.